Stephanie Borkenfeld-Müllers studierte Katholische Kirchenmusik (A-Examen) an der Robert-Schumann-Hochschule in Düsseldorf bei Prof. Rosalinde Haas. Dem Kantoren-Examen folgte ein Studium der Instrumentalpädagogik mit dem Hauptfach Cembalo bei Prof. Dr. Werner Smigelski und Kristin Wachenfeld.

Ebenfalls an der Robert-Schumann-Hochschule in Düsseldorf studierte Stephanie Borkenfeld-Müllers bei Prof. Volker Hempfling das Fach Dirigieren mit Schwerpunkt Chorleitung, beendete dieses Aufbaustudium mit dem Abschluss als Diplommusikerin und vertiefte ihre Studien in Meisterkursen bei Frieder Bernius und Volker Hempfling.

Seit dem Jahre 1990 ist Stephanie Borkenfeld-Müllers als hauptamtliche Kantorin an Sankt Laurentius in Mönchengladbach-Odenkirchen tätig. In enger Zusammenarbeit mit dem damaligen KMD Viktor Scholz betreute sie das Orgelbauprojekt für die Pfarrkirche St. Laurentius.
Sie entwarf die Disposition für das neue Instrument der Firma Richard Rensch / Lauffen a. Neckar, das mit seinen 40 Registern zu den klangvollsten Orgelbauten am Niederrhein gehört, und spielte in Anlehnung an die französisch-romantische Klangcharakteristik der neuen Orgel eine CD mit dem Titel „Rendezvous romantique“ ein.

Neben ihren liturgischen Diensten übt sie eine rege Konzerttätigkeit im In- und Ausland aus. Konzertreisen führten sie nach Italien (u.a. Mailand, Basilika San Lorenzo /Asti, Kathedrale), Frankreich (Kathedrale Notre Dame), Kroatien (Kathedrale Zagreb) sowie nach Österreich und in die Schweiz.

Stephanie Borkenfeld-Müllers ist Leiterin des Vokalensembles cantica vobis Mönchengladbach.

2016 wurde ihr der Titel Chordirektorin BDC verliehen.

Seit 2022 leitet sie den von ihr gegründeten BachChor Mönchengladbach.